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虽然果胶被发现近200年，但目前对于其组成和结构并没有彻底弄清楚。果胶结构非常难解析的原因在于其结构和组成随着植物的种类、储藏期和加工工艺的不同而不同。此外，果胶中还存在一些杂质。根据果胶分子主链和支链结构的不同，将其分为4类：同型半乳糖醛酸聚糖（Homogalacturonan，HG）、鼠李半乳糖醛酸聚糖 I（Rhamngalacturonan I，RGI）、鼠李半乳糖醛酸聚糖II（Rhamngalacturonan II，RGII）和木糖半乳糖醛酸聚糖（Xylogalacturonan，XG）。 HG是长而连续、平滑的α-1,4糖苷键连接的半乳糖醛酸聚合体，约占果胶的65％，半乳糖醛酸的C6可被甲酯化或酰胺化，在一些植物中，C2或C3可被乙酰化。 也有研究发现HG中半乳糖醛酸残基的O-3或O-4被木糖取代，形成XG。 RGI（20％~35％）是一个具有侧链区域的骨架，是由几十甚至超过100个重复鼠李半乳糖醛酸二糖构成。通常RGI中的鼠李糖残基有20％~80％被中性糖支链取代，取代位置通常在C4位，而RGI的支链长度和种类与果胶原料来源和提取方式有关。 这些支链可分为3种多聚体：阿拉伯聚糖、阿拉伯半乳聚糖I和阿拉伯半乳聚糖II。 楚雄元谋回收橡胶原料行情 阿拉伯半乳聚糖I由(1,4)-α-D-Gal-(1,5)-α-L-Ara 组成，通过(1,4)-α-L-Ara 与主链相连；阿拉伯半乳聚糖II是高度分枝的半乳聚糖， 侧链的主链由(1,3)-α-D-Gal 组成，该主链被(1,6)-α-D-Gal取代成分枝，而该分枝则被(1,3)-α-L-Ara取代。 RGII（约10％）的结构非常复杂 ，其骨架是带有4个不同侧链的短而伸长的 HG， 而非鼠李半乳糖醛酸聚糖，RGII由至少12种单糖以多于20种的键合方式连接。 在植物中，RGII 可与硼酸盐发生交联。